Guido Pini meraih pole pertamanya di Moto3, sementara Barry Baltus juga memulai Moto2 dari posisi terdepan. Pembalap Belgia ini berhasil mengalahkan Joe Roberts dengan selisih tipis 0,020 detik untuk merebut pole position di Brno, di mana para penantang gelar absen. Manu Gonzalez akan memulai perlombaan dari urutan keempat, di belakang Marcos Ramirez.
Aron Canet harus start di posisi ke-18 setelah terjatuh di sesi kualifikasi kedua, sementara Diogo Moreira menempati posisi terakhir di Q1 karena alasan yang sama. Pembalap Brasil itu akan memulai perlombaan dari pitlane akibat perilaku yang berbahaya di lintasan Sachsenring.
Kualifikasi Moto2 berlangsung dalam kondisi cuaca yang baik, kering, dan suhu yang nyaman, meskipun awan menutupi matahari di awal sesi Q1. Fase awal kualifikasi sangat penting, di mana para pembalap berusaha keras untuk lolos ke Q2 setelah hari Jumat yang basah.
Diogo Moreira tercatat sebagai yang pertama dalam Q1 namun terpaksa start dari pit lane, sementara Barry Baltus, Arenas, dan Oncu berhasil memimpin di sesi tersebut. Pada babak kedua, Joe Roberts berhasil memimpin kualifikasi Moto2, dengan Barry Baltus menjadi yang tercepat dalam pertarungan sengit merebut pole position.
Para pembalap lainnya berhasil mencatatkan waktu, dengan Baltus memimpin zona cut-off dan Manu Gonzalez yang tidak mampu mendekat. Hasil Q2 Moto2 Republik Ceko menunjukkan kemenangan Baltus, disusul oleh pembalap Spanyol Marcos Ramirez. Para penantang gelar juara, seperti Aron Canet, juga mengalami kesulitan di sesi kualifikasi.
